北京交通大學

基本信息

劉一，博士、高聘教授

辦公電話： 010-51684931電子郵件： yiliu@bjtu.edu.cn

教育背景:

2004 北京大學 理學學士

2009 北京大學 工學博士

工作經(jīng)歷:

2009.7-2012.3

中國科學院遺傳與發(fā)育生物學研究所 助理研究員

2012.3-2012.8

中國科學院上海生命科學研究院 中科院-德國馬普學會計算生物學伙伴研究所 副研究員

2012.9-2014.9

北京交通大學計算機與信息技術學院 副教授

2014.10-今

北京交通大學計算機與信息技術學院 高聘教授，博士生導師

2013.6-2015.6

中國科學院遺傳與發(fā)育生物學研究所 客座研究人員

研究方向

機器學習與認知計算

人工智能及應用

計算機技術(專業(yè)學位)

軟件工程(專業(yè)學位)

招生專業(yè)

計算機科學與技術碩士

計算機科學與技術博士

電子信息碩士

科研項目

北京市科委：基于大數(shù)據(jù)的交通計算若干問題研究，2013-11-01--2014-10-31，50.0萬元，參加

教育部：“數(shù)字媒體信息處理” 教育部創(chuàng)新團隊-子課題5，2013-01-01--2015-12-31，10.0萬元，參加

國家自然科學基金“面上”：細胞分化與轉(zhuǎn)化過程中關鍵調(diào)控規(guī)律的逆向工程研究，2018-01-01--2021-12-31，直接經(jīng)費52.0萬元，主持

國家自然科學基金“面上”：基于基因缺失突變數(shù)據(jù)的組合調(diào)控規(guī)律推斷研究，2014-01-01--2017-12-31，60.0萬元，主持

國家自然科學基金"青年基金"：基于相似性的圖像特征逆向?qū)W習算法與應用，2014-01-01--2016-12-31，26.0萬元，主持

基本科研業(yè)務費專題項目：復雜疾病的基因組關聯(lián)分析與上位效應檢測算法研究，2014-01-01--2016.12.31，35.0萬元，主持。

人才基金：基于空間約束稀疏編碼和相似度的圖像分類算法研究，2014-11-01--2017-10-31，30.0萬元，主持。

專項：臨床研究支撐技術與臨床科研一體化網(wǎng)絡的研究，2009-12-31--2013-12-31，20.0萬元，參加

專項：中醫(yī)藥臨床醫(yī)療科研信息一體化，2012-01-01--2013-12-31，20.0萬元，參加

人才基金：面向新一代深度測序技術的智能化因果推斷算法研究，2012-10-01--2013-10-01，1.5萬元，主持

教學工作

2012年-2013年第二學期：

智能計算基礎，32學時，2學分，本科限選。

生命科學概論，32學時，2學分，本科任選。

2013-2014第一學期：

模式識別，研究生

自2014-2015第一學期起，主要從事

離散數(shù)學(A)I

離散數(shù)學(A)II

兩門課的教學工作。

論文/期刊

以下是主要代表性論文，*號標注通訊作者或共同通訊作者，^號標注同等貢獻的作者。

[1] Yi Liu, Hongbin Zha, Hong Qin, Shape Topics: A Compact Representation and New Algorithms for 3D Partial Shape Retrieval, IEEE Computer Society Conference on Computer Vision and Pattern Recognition (CVPR 2006), vol.2, pp: 2025-2032, 2006. [CCF A類會議]

[2] Yi Liu, Xu-Lei Wang, Hongbin Zha, Dimension Amnesic Pyramid Match Kernel, the Twenty-Third AAAI Conference on Artificial Intelligence, (AAAI 2008) 2008. [CCF A類會議]

[3] Yi Liu*, Xu-Lei Wang, Hua-Yan Wang, Hongbin Zha*, Hong Qin, Learning Robust Similarity Measures for 3D Partial Shape Retrieval, International Journal of Computer Vision (IJCV 2010), Volume 89 Issue 2-3, September 2010. [CCF A類期刊]

[4] Yi Liu^, Dali Han^, Yixing Han^, Zheng Yan, Bin Xie, Jing Li, Nan Qiao, Haiyang Hu, Philipp Khaitovich, Yuan Gao and Jing-Dong J. Han*. Ab initio identification of transcription start sites in the Rhesus macaque genome by histone modification and RNA-Seq. Nucleic Acids Research (NAR 2011), Volume 39, Issue 4, 2011.

[5] Yi Liu^, Nan Qiao^, Shanshan Zhu, Ming Su, Na Sun, Jerome Boyd-Kirkup and Jing-Dong J. Han*. A novel Bayesian network inference algorithm for integrative analysis of heterogeneous deep sequencing data. Cell Research, (2013) 23:440–443; doi:10.1038/cr.2013.8 (Nature Publishing Group期刊: www.nature.com/cr)

[6] Jin e Li^,Yi Liu^,Min Liu,Jing-Dong Jackie Han*. Functional Dissection of Regulatory Models Using Gene Expression Data of Deletion Mutants. PLoS Genetics. Sep, 2013 (^:共同第一作者)

[7] Wei Zhang^, Yi Liu^, Na Sun, Dan Wang, Jerome Boyd-Kirkup, Xiaoyang Dou, and Jing-Dong Jackie Han*. Integrating Genomic, Epigenomic, and Transcriptomic Features Reveals Modular Signatures Underlying Poor Prognosis in Ovarian Cancer. Cell Reports. Aug, 2013 ( ^:共同第一作者，Cell子刊: http://www.cell.com/cell-reports)

[8] Jialiang Huang, Yi Liu, Wei Zhang, Hong Yu, Jing-Dong J. Han*, eResponseNet: a package prioritizing candidate disease genes through cellular pathways, Bioinformatics, Volume 27, Issue 16, pp. 2319-2320, 2011.

[9] Weizhong Chen^, Yi Liu^, Shanshan Zhu, Christopher D. Green, Gang Wei, Jing-Dong Jackie Han. Improved nucleosome-positioning algorithm iNPS for accurate nucleosome positioning from sequencing data. Nature Communications. doi:10.1038/ncomms5909. (^:共同第一作者， Nature子刊)

[10] Lei Hou^, Dan Wang^, Di Chen^, Yi Liu, Yue Zhang, Hao Cheng, Chi Xu, Na Sun, Joseph McDermott, William B. Mair, Jing-Dong J. Han*. A Systems Approach to Reverse Engineer Lifespan Extension by Dietary Restriction. Cell Metabolism, March 8, 2016. (Cell子刊)

[11] Weizhong Chen^, Yi Liu^, Shanshan Zhu, Guoyu Chen, Jing-Dong J. Han*. Inter-nucleosomal communication between histone modifications for nucleosome phasing. PLoS Computational Biology, September, 2018. (^:共同第一作者)

除上述工作外，還以通訊作者在Neurocomputing、J Vis Commun Image R、Front Comput Sci等SCI(E)期刊發(fā)表研究論文。

獲獎與榮譽

2014年入選北京交通大學“卓越百人計劃”第四層次人才

社會兼職

SCI期刊Frontiers of Computer Science 青年Associate Editor